尖锐湿疣和生殖器疱疹复发与病毒持续存在（包括潜伏感染、亚型多样）、机体免疫功能异常（免疫低下、监视功能异常）、治疗不彻底（方法不当、疗程不足）、再感染（性伴侣未同时治疗）等因素相关，不同年龄、性别、生活方式人群受这些因素影响程度不同。
一、病毒持续存在相关因素
（一）病毒潜伏感染
尖锐湿疣由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，HPV可潜伏在皮肤黏膜的基底细胞层等部位，当机体免疫力下降时，潜伏的病毒可能重新激活增殖导致复发。生殖器疱疹由单纯疱疹病毒（HSV）引起，HSV能潜伏在骶神经节内，当机体抵抗力降低等诱因出现时，病毒可被再激活，沿神经轴索返回至皮肤黏膜引起复发。不同年龄、性别人群都可能存在病毒潜伏感染情况，例如青少年免疫系统相对活跃但仍可能存在潜伏感染，女性由于生理结构特点等因素在激素变化等影响下也易出现潜伏病毒再激活。
（二）病毒亚型多样
HPV有多种亚型，不同亚型的HPV致病力和复发倾向不同，一些高危亚型易导致疾病复发及恶变等情况。HSV分为HSV-1和HSV-2型，HSV-2型引起生殖器疱疹的复发率相对较高，不同生活方式人群接触不同亚型病毒的概率不同，比如有多个性伴侣的人群接触多种亚型病毒的风险增加，从而增加复发可能。
二、机体免疫功能因素
（一）免疫功能低下
对于免疫力低下的人群，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，或者长期使用免疫抑制剂的人群，机体对病毒的清除能力减弱，尖锐湿疣和生殖器疱疹复发几率显著增高。年龄较小的儿童免疫系统尚未完全发育成熟，免疫功能相对较弱，也更容易出现复发情况；而老年人随着年龄增长免疫功能衰退，也较易发生复发。女性在妊娠期等特殊生理时期，由于体内激素变化等因素影响，免疫功能会发生改变，也可能导致复发风险增加。
（二）免疫监视功能异常
机体的免疫监视功能异常时，不能及时识别和清除体内潜伏或少量存在的病毒，使得病毒有机会增殖复发。不同生活方式人群免疫监视功能受影响程度不同，比如长期吸烟、酗酒的人群，其免疫功能会受到抑制，免疫监视功能也会下降，进而增加尖锐湿疣和生殖器疱疹的复发风险。
三、治疗不彻底因素
（一）治疗方法选择不当
如果尖锐湿疣治疗时未将HPV病毒彻底清除，仅去除了可见疣体，就容易复发。对于生殖器疱疹，若选用的治疗方案不能有效抑制病毒潜伏感染的激活，也会导致复发。不同年龄、性别患者对治疗方法的响应可能不同，例如女性外阴部位的尖锐湿疣治疗时需要更加谨慎选择方法以避免对生殖系统功能产生不良影响，儿童患者治疗时需考虑对生长发育的影响，选择相对温和且有效的治疗方式。
（二）治疗疗程不足
尖锐湿疣和生殖器疱疹的治疗需要一定疗程，若过早停止治疗，体内残留的病毒可能继续繁殖导致复发。不同病情严重程度的患者所需疗程不同，病情较重的患者可能需要更长时间的规范治疗来降低复发几率，年龄较小的儿童病情发展可能较快，需要更密切观察和规范足疗程治疗以防止复发。
四、再感染因素
（一）性伴侣未同时治疗
患者在治愈后如果与未治疗的性伴侣发生性行为，就容易再次感染病毒，导致疾病复发。不同性别患者在性活动中的角色不同，男性可能在性传播中起到传播病毒给女性的作用，女性也可能在性活动中被男性传染，所以双方都需要同时接受检查和治疗以避免相互传染导致复发。生活方式中存在多个性伴侣的人群再感染风险更高，需要特别注意避免无保护性行为等情况。
