原发性生殖器疱疹潜伏期一般为天初期外生殖器或肛门周围出现群簇或散在小水疱后破溃形成糜烂或溃疡伴疼痛等全身症状男性多见于龟头等处女性多见于大小阴唇等处复发性生殖器疱疹多在原发性消退后月内复发有前驱症状后现群簇性小水疱破溃成糜烂或浅溃疡全身症状及皮损较轻病程短新生儿产道感染原发性会有严重症状免疫低下者症状更严重孕期感染可致早产等风险。
潜伏期：一般为2~14天。
初期症状：外生殖器或肛门周围会出现群簇或散在的小水疱，2~4天后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。
全身症状：患者可伴有发热、头痛、乏力等全身症状，男性多见于龟头、冠状沟、包皮、阴茎等处；女性多见于大小阴唇、阴蒂、宫颈等处。
复发性生殖器疱疹
发作特点：多在原发性生殖器疱疹消退后1~4个月内复发。
症状表现：复发前患者局部常有前驱症状，如烧灼感、针刺感等，随后出现群簇性小水疱，水疱破溃后形成糜烂或浅溃疡，病程较短，一般7~10天可自愈，皮损好发于生殖器部位。与原发性生殖器疱疹相比，复发性生殖器疱疹全身症状及皮损较轻，病程较短。
对于新生儿感染生殖器疱疹的情况，若母亲在分娩时患有原发性生殖器疱疹，新生儿可能通过产道感染，出现发热、疱疹、肝脾肿大、脑炎等严重症状；对于免疫功能低下的人群，如艾滋病患者等，生殖器疱疹的症状可能更严重，发作频率更高，病程更长。女性患者在孕期感染生殖器疱疹可能会增加早产、胎膜早破等风险，还可能影响胎儿发育。
