传染性软疣治疗有局部治疗包括夹除术、冷冻治疗、激光治疗，药物治疗有维A酸类药物、免疫调节剂，全身治疗针对免疫力严重低下患者，治疗中要避免搔抓防止自身接种传播注意个人卫生及物品消毒。
一、局部治疗
1.夹除术：这是较为常用的方法，对于单个较大的传染性软疣可采用此方法。医生会用镊子将软疣小体完全夹除，然后局部涂抹碘伏等进行消毒。对于儿童患者，操作时需更加轻柔，避免造成过多创伤，同时要注意安抚儿童情绪，使其配合治疗。
2.冷冻治疗：利用低温的液氮使传染性软疣组织坏死脱落。适用于数量较多的传染性软疣。冷冻治疗可能会引起局部疼痛，儿童对疼痛较为敏感，操作时要准确控制冷冻范围和时间，减少对周围正常皮肤的损伤。治疗后要保持局部清洁，避免感染。
3.激光治疗：用激光的高能量破坏传染性软疣组织。该方法对于较小的传染性软疣效果较好。但激光治疗会有一定的创面，术后需要注意保持创面干燥清洁，防止感染，尤其对于儿童，要避免其搔抓创面。
二、药物治疗
1.维A酸类药物：外用维A酸类药物可能对传染性软疣有一定的治疗作用，通过调节上皮细胞的生长和分化来发挥作用。但儿童使用时需谨慎，要在医生指导下使用，密切观察局部皮肤反应，如出现红肿、瘙痒等不适要及时停药并就医。
2.免疫调节剂：对于免疫力较低的患者，可考虑使用免疫调节剂，但一般不作为首选。如儿童患者合并有免疫功能低下的情况，在使用免疫调节剂时要严格遵循医生的用药方案，监测免疫功能指标。
三、全身治疗
对于免疫力严重低下的患者，如艾滋病患者合并传染性软疣时，可能需要进行全身的抗病毒及免疫调节等综合治疗，但这种情况相对较少见。在治疗过程中，要充分考虑患者的基础疾病和整体健康状况，儿童患者更要注重在保证治疗效果的同时，最大程度减少对其生长发育的影响。
传染性软疣具有一定的传染性，在治疗过程中要注意避免搔抓，防止自身接种传播，同时要注意个人卫生，保持皮肤清洁。患者的衣物、毛巾等要单独清洗消毒，以防止交叉感染。
