内斜视的发生有先天和后天因素。先天因素包括遗传因素（家族内斜视病史使后代风险增加，特定基因变异相关）和胚胎发育异常（胚胎眼部结构发育不协调，受孕期母亲健康等因素影响）；后天因素有屈光不正（高度远视致儿童内斜视）、眼部疾病（先天性白内障、神经病变、外伤等引发）、神经支配因素（脑部病变影响眼外肌神经支配）、全身疾病（重症肌无力、甲状腺相关眼病等相关）、生活方式因素（长时间近距离用眼过度致儿童及成年人眼位异常）。
胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，如果眼部的结构发育出现异常，如眼球的肌肉、晶状体、视网膜等发育不协调，就可能引发内斜视。比如，胚胎时期眼外肌的分化、迁移或附着点异常，会导致眼球的运动失衡，从而出现内斜视。这种胚胎发育异常可能受到孕期母亲的健康状况、药物使用、环境因素等影响，如母亲在孕期感染某些病毒、接触放射性物质等，都可能干扰胚胎眼部的正常发育。
后天因素
屈光不正：高度远视是导致儿童内斜视的常见原因之一。儿童处于生长发育阶段，当存在高度远视时，为了看清物体，眼睛会过度调节，引起过度的集合动作，长期如此就容易导致内斜视。例如，远视度数较高的儿童，眼睛需要不断地使用调节力来聚焦近处物体，这会伴随过多的集合，进而引发内斜视。而近视患者一般较少出现内斜视，但如果近视患者合并其他因素，也可能影响眼位。
眼部疾病：某些眼部疾病也可能引起内斜视。比如，先天性白内障会影响光线进入眼内，导致患儿视物不清，为了调整眼位可能出现内斜视。此外，眼部的神经病变，如动眼神经麻痹等，会影响眼外肌的正常运动，使眼球运动不协调，从而引发内斜视。还有一些眼部的外伤，损伤了眼外肌或相关神经，也可能导致内斜视的发生。
神经支配因素：脑部的神经病变或异常也可能影响眼外肌的神经支配，导致内斜视。例如，脑部肿瘤、脑血管意外等病变，可能影响支配眼外肌的神经传导，使眼外肌的收缩和舒张不协调，进而出现内斜视。对于不同年龄段的人群，神经支配因素导致内斜视的情况有所不同。在儿童中，脑部的发育异常或感染等可能影响神经支配；在成年人中，脑部的病变如肿瘤、脑血管疾病等是常见的原因。
全身疾病：一些全身疾病也可能与内斜视相关。例如，重症肌无力患者，由于神经肌肉接头传递功能障碍，可出现眼外肌受累，导致眼球运动异常，进而引发内斜视。甲状腺相关眼病患者，由于甲状腺功能异常影响眼部组织，可出现眼外肌肿胀、纤维化等，导致眼球运动受限，引起内斜视。此外，一些代谢性疾病等也可能通过影响身体的整体状况，间接影响眼部的正常功能，导致内斜视的发生。
生活方式因素：长时间近距离用眼过度，如儿童长时间看电视、玩电子游戏等，会使眼睛的调节和集合功能失调，增加内斜视的发生风险。对于儿童来说，不良的用眼习惯是导致内斜视的重要后天因素之一。而成年人如果长期处于紧张、疲劳的状态，也可能影响眼部的神经肌肉功能，导致眼位异常。
