窦性心动过缓伴不齐的原因包括生理性因素（运动员、长期体力劳动者、睡眠状态）、病理性因素（心血管系统疾病如窦房结病变、心肌梗死；全身性疾病如甲状腺功能减退、颅内病变；药物因素如β受体阻滞剂、钙通道阻滞剂）及其他因素（电解质紊乱如高钾血症）。
睡眠状态：人在睡眠时，迷走神经兴奋，也会出现窦性心动过缓伴不齐。儿童在睡眠过程中相对成人更易出现这种情况，因为儿童的自主神经调节功能尚不完善，睡眠时迷走神经对心脏的调节作用更明显。
病理性因素
心血管系统疾病
窦房结病变：如病态窦房结综合征，是由于窦房结及其周围组织的病变导致窦房结功能减退，可出现窦性心动过缓伴不齐，甚至出现窦性停搏等情况。老年人由于心脏传导系统退行性变，更容易发生窦房结病变相关的窦性心动过缓伴不齐。
心肌梗死：尤其是下壁心肌梗死时，可累及窦房结及其周围组织，影响窦房结的正常功能，导致窦性心动过缓伴不齐。有冠心病病史的中老年人发生心肌梗死的风险较高，进而容易出现此类心律失常。
全身性疾病
甲状腺功能减退：甲状腺激素分泌不足，机体代谢率降低，迷走神经张力增高，可引起窦性心动过缓伴不齐。各年龄段均可发病，老年人甲状腺功能减退相对常见，且症状可能不典型，容易被忽视。
颅内病变：如颅内肿瘤、出血、炎症等病变累及颅内迷走神经中枢时，可影响迷走神经对心脏的调节，导致窦性心动过缓伴不齐。儿童若存在先天性颅内发育异常等情况，也可能出现此类病变相关的心律失常。
药物因素
β受体阻滞剂：如普萘洛尔等，这类药物可阻断心脏的β受体，使心率减慢，若使用不当可导致窦性心动过缓伴不齐。有心血管疾病需长期服用β受体阻滞剂的患者，应定期监测心率等情况。老年人肝肾功能减退，对药物的代谢和排泄能力下降，使用此类药物时更需谨慎。
钙通道阻滞剂：如地尔硫等，也可能引起窦性心动过缓伴不齐。正在服用多种药物的老年人，由于药物相互作用，发生药物相关性窦性心动过缓伴不齐的风险增加。
其他因素
电解质紊乱：如高钾血症，血钾浓度升高可影响心肌的电生理活动，导致窦性心动过缓伴不齐。患有肾脏疾病的患者，由于钾离子排泄障碍，容易出现高钾血症，进而引发心律失常。儿童若存在严重呕吐、腹泻等情况导致电解质紊乱，也可能出现窦性心动过缓伴不齐。
