手腱鞘囊肿有一定自愈可能，较小且无症状的可能自愈，较大或有症状的通常难自愈，儿童患者要谨慎对待，成年患者有自愈倾向且无症状可观察，有不适需积极处理，还需注意调整手部活动降低风险。
较小且无症状的情况
部分较小的手腱鞘囊肿，可能会在没有任何干预的情况下自行吸收消退从而自愈。这可能与局部的轻微损伤后组织的自我修复等因素有关，比如一些人由于手部过度使用等原因出现了非常小的腱鞘囊肿，在之后的日常活动中，机体自身的调节机制可能使囊肿逐渐被吸收。
较大或有症状的情况
难以自愈：如果手腱鞘囊肿较大，或者引起了疼痛、影响手部活动等明显症状时，通常很难自愈。较大的腱鞘囊肿会持续占据局部空间，并且可能会对周围的组织产生持续的压迫等不良影响，比如压迫到周围的神经等结构，导致手部明显的不适，这种情况下一般需要进行干预，如通过穿刺抽吸囊液、手术切除等方法来处理，而不会自行消失。
对于儿童患者出现手腱鞘囊肿的情况，由于儿童处于生长发育阶段，更要谨慎对待。如果是较小且无症状的手腱鞘囊肿，要密切观察其变化，因为儿童的机体也有一定的自我调节能力，但如果囊肿有增大趋势或者出现影响手部功能等情况，应及时就医评估，根据具体情况采取合适的处理措施，尽量选择对儿童生长发育影响小的方式；对于成年患者，若手腱鞘囊肿有自愈倾向且无症状可以先观察，但如果出现不适等情况则需要积极处理。同时，对于有手部过度使用等不良生活方式的人群，要注意合理调整手部的活动，避免长时间重复单一的手部动作等，以降低手腱鞘囊肿发生的风险或者促进可能存在的较小囊肿的自愈。
