骨髓炎由致病菌感染引起，常见致病菌有金黄色葡萄球菌等，其引起原因包括血源性感染（儿童因骨骺板附近血管特点易发病，成人多因身体其他部位感染灶细菌入血引发）、创伤性感染（开放性骨折及骨科手术易致）、邻近感染灶蔓延（糖尿病足等邻近骨髓的感染病灶可直接蔓延）。
血源性感染
年龄因素影响：在儿童中较为常见，由于儿童骨骺板附近的微小终末动脉与毛细血管往往更为弯曲而成为血管襻，血液流经此处时容易停滞，细菌容易沉积，因此儿童长骨干骺端成为骨髓炎的好发部位。例如，幼儿免疫系统尚未完全发育成熟，对细菌的清除能力相对较弱，当身体其他部位有感染病灶时，细菌可通过血液循环到达骨髓引起感染。
成人情况：成人血源性骨髓炎相对少见，多因身体其他部位的感染灶，如皮肤疖肿、呼吸道感染等，细菌入血后随血流到达骨髓引发炎症。但成人的骨髓血供相对稳定，感染发生的概率较儿童低。
创伤性感染
生活方式相关：开放性骨折是常见的原因，骨折导致骨与外界相通，外界的细菌容易直接侵入骨髓引起感染。比如，从事高危职业（如建筑工人、矿工等）的人群，在工作中发生开放性骨折的风险较高，若伤口处理不及时或不彻底，就容易引发骨髓炎。
手术相关创伤：骨科手术也是创伤性感染导致骨髓炎的重要原因，手术过程中虽然有严格的无菌操作，但仍有一定的感染概率。例如，关节置换手术、骨折内固定手术等，术后如果发生切口感染，细菌可能进一步侵入骨髓引发骨髓炎。
邻近感染灶蔓延
病史影响：如患有糖尿病足的患者，足部皮肤破溃后，感染容易向深部蔓延，累及骨髓引起骨髓炎。因为糖尿病患者往往存在血管和神经病变，局部血液循环差，神经感觉减退，皮肤破溃后自身修复能力弱，且高血糖环境有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病足患者发生骨髓炎的风险较高。另外，慢性足部溃疡、慢性化脓性关节炎等邻近骨髓的感染病灶，可直接蔓延至骨髓引起骨髓炎。
