新生儿消化不良可能由多种因素引起，喂养方面有喂食不当（喂养量、间隔不规律及母亲饮食影响）和奶粉不合适；消化系统发育不成熟，胃肠道消化酶分泌不足、活性低；环境因素如温度不适、腹部着凉会影响；还有疾病如感染或先天性畸形等也会导致。
奶粉不合适：不同品牌、阶段的奶粉成分有所差异，如果新生儿对奶粉中的蛋白质、脂肪等成分不适应，也容易引发消化不良。比如，部分新生儿可能对奶粉中的乳清蛋白或酪蛋白过敏，摄入后会出现胃肠不适、腹泻或便秘等消化不良表现。
消化系统发育不成熟
新生儿的胃肠道消化酶分泌不足，消化功能相对较弱。例如，胃酸和消化酶的分泌量较少，活性较低，对食物的消化能力有限。这使得新生儿在进食后，食物难以充分消化分解，容易导致消化不良。随着新生儿月龄的增加，消化系统逐渐发育成熟，这种情况会有所改善，但在新生儿时期相对较为常见。
其他因素
环境因素：新生儿的生活环境温度不适宜，如过冷或过热，可能影响其胃肠功能。过冷会使新生儿胃肠蠕动减慢，而过热则可能导致胃肠功能紊乱，从而引发消化不良。此外，新生儿腹部着凉也会影响消化，出现腹痛、腹泻等消化不良症状。
疾病影响：某些全身性疾病或胃肠道局部疾病可能影响新生儿的消化功能。例如，新生儿感染病毒或细菌后，可能引起胃肠功能紊乱，出现消化不良；先天性胃肠道畸形等疾病也会导致新生儿消化吸收障碍，引发消化不良。
