孕酮低的相关因素包括内分泌因素（黄体功能不全、下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱）、子宫因素（子宫内膜异常）、其他因素（疾病影响、药物影响、年龄因素），其中黄体功能不全在育龄且有流产史等女性中常见，下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱与长期精神压力大、生活不规律的女性相关，子宫内膜异常与有宫腔操作史女性有关，疾病、药物、年龄也会对孕酮水平产生影响。
下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱：下丘脑分泌促性腺激素释放激素，调控垂体分泌促性腺激素，进而影响卵巢的功能。当这个轴的功能出现紊乱时，会影响卵巢的正常排卵及孕酮分泌。比如长期精神压力大、生活不规律的女性，可能会出现该轴功能紊乱，从而导致孕酮低。不同年龄阶段的女性都可能受到影响，年轻女性若长期处于高压状态，就易出现这种情况。
子宫因素
子宫内膜异常：子宫内膜是胚胎着床的场所，其正常发育需要适宜的孕酮水平来支持。若子宫内膜出现病变，如子宫内膜炎等，会影响孕酮对子宫内膜的作用，导致孕酮相对不足。有过宫腔操作史（如人工流产等）的女性，发生子宫内膜异常的风险增加，进而可能引起孕酮低。各年龄有过宫腔操作的女性都需注意，尤其是多次宫腔操作的女性。
其他因素
疾病影响：一些疾病会影响孕酮的分泌，如甲状腺功能减退症，甲状腺功能异常会干扰体内的内分泌平衡，进而影响孕酮的产生。患有此类疾病的女性，若未得到有效控制，就可能出现孕酮低的情况。不同年龄因疾病导致甲状腺功能减退的女性都可能受影响，中年女性相对更易高发甲状腺相关疾病。
药物影响：某些药物的使用可能会影响孕酮水平，比如长期使用某些糖皮质激素类药物等。长期服用这类药物的人群，需密切关注孕酮情况，因为药物可能干扰体内正常的激素分泌。长期服药的各年龄人群都要留意药物对激素水平的影响。
年龄因素：随着女性年龄增长，尤其是进入围绝经期后，卵巢功能逐渐衰退，孕酮分泌也会相应减少。老年女性相对年轻女性更易出现孕酮低的情况，这是因为年龄增长导致卵巢功能自然衰退。
