新生儿缺氧会出现多系统症状，神经系统有意识状态改变、肌张力异常、惊厥；呼吸系统有呼吸频率改变、呼吸节律不整；心血管系统有心率改变、皮肤颜色改变；其他系统有消化系统症状、代谢紊乱，不同情况的新生儿在各系统症状上有差异。
意识状态改变：轻度缺氧时新生儿可表现为兴奋，如易激惹、肢体颤动等；中度缺氧时可出现嗜睡、反应迟钝；重度缺氧时则会昏迷。这是因为缺氧影响了大脑神经细胞的正常功能，不同程度的缺氧对神经细胞抑制程度不同从而导致意识状态有差异。早产儿由于其神经系统发育尚不完善，对缺氧的耐受能力更差，缺氧时意识状态改变可能更为明显且恢复更困难。
肌张力异常：轻度缺氧时肌张力可正常或稍增高；中度缺氧时肌张力减低；重度缺氧时肌张力显著减低，甚至松软。肌张力的变化是由于缺氧影响了神经对肌肉的调控，正常情况下神经冲动能协调肌肉的收缩和舒张，缺氧后这种调控失衡。对于有早产病史的新生儿，本身神经系统发育不成熟，缺氧时更容易出现肌张力异常。
惊厥：重度缺氧时可能出现惊厥，表现为肢体抽搐、双眼凝视、口周发绀等。惊厥是大脑神经元异常放电的结果，缺氧导致脑代谢紊乱，神经细胞兴奋性增高引发惊厥。有围生期窒息病史的新生儿发生惊厥的风险相对较高。
呼吸系统症状
呼吸频率改变：轻度缺氧时呼吸可增快，频率可达60-80次/分以上；重度缺氧时呼吸减慢，甚至呼吸暂停。正常新生儿呼吸频率在40-60次/分，缺氧时机体通过呼吸频率的改变来尝试纠正缺氧状态，重度缺氧时呼吸中枢受到抑制导致呼吸减慢或暂停。有羊水污染（如胎粪污染羊水）病史的新生儿，在分娩过程中可能吸入胎粪导致呼吸道梗阻进而影响呼吸，更容易出现呼吸频率异常。
呼吸节律不整：缺氧可导致呼吸节律紊乱，出现呼吸深浅不一、节律不规则等情况。这是因为缺氧干扰了呼吸中枢的正常节律调节，正常呼吸节律是由呼吸中枢精确调控的，缺氧破坏了这种调控机制。早产儿的呼吸中枢发育不完善，呼吸节律不整在缺氧时更易发生。
心血管系统症状
心率改变：轻度缺氧时心率增快，可超过160次/分；重度缺氧时心率减慢，可低于100次/分。心率变化是机体的代偿反应，轻度缺氧时通过加快心率来增加心输出量以改善缺氧，重度缺氧时心功能受到抑制导致心率减慢。有先天性心脏病基础的新生儿，在缺氧时心血管系统的代偿和耐受能力更差，心率改变可能更明显。
皮肤颜色改变：出现发绀，表现为口唇、甲床、面色等部位青紫。这是因为缺氧导致血液中还原血红蛋白增多，正常动脉血氧合血红蛋白使皮肤呈红润色，缺氧时还原血红蛋白比例升高从而出现青紫。有胎儿宫内窘迫病史的新生儿，出生后发生缺氧导致发绀的可能性较大。
其他系统症状
消化系统症状：可能出现腹胀、呕吐等情况。缺氧可影响胃肠道的血液供应和神经调节，导致胃肠蠕动异常、消化功能紊乱。低出生体重儿由于胃肠道发育更不成熟，在缺氧时消化系统症状可能更突出。
代谢紊乱：可出现血糖异常，如低血糖或高血糖。缺氧影响了糖代谢的调节，轻度缺氧时可能通过机体的应激反应出现短暂高血糖，重度缺氧时糖利用障碍导致低血糖。有妊娠糖尿病母亲所生的新生儿，本身糖代谢调节就有一定基础问题，在缺氧时更易发生血糖紊乱。
