根尖囊肿有局部和全身症状，局部有牙齿相关表现（患牙有病史、变色、无活力、囊肿小时无症状，大时牙槽骨膨胀致牙松动移位）和面部表现（大囊肿致面部相应部位膨隆，触诊有乒乓球样感），一般无全身症状，继发感染时可出现发热等全身不适，儿童及有基础病史等人群表现有差异。
牙齿相关表现：
患牙通常有牙髓病史、反复肿痛史或牙髓坏死等情况。患牙颜色可能异常，多为变色牙，如呈暗黄色、灰褐色等。牙齿一般无活力，通过牙髓活力测试可发现牙髓无反应。
囊肿较小时，一般无明显自觉症状，多在口腔检查或拍摄X线片时发现。随着囊肿逐渐增大，会使患牙的牙槽骨膨胀吸收。由于牙槽骨的吸收，患牙会有松动、移位的表现。
面部表现：
囊肿发展较大时，可导致面部相应部位膨隆。不同部位的患牙对应的面部膨隆部位不同，例如上颌切牙的根尖囊肿可能引起上颌前部膨隆，下颌磨牙的根尖囊肿可能导致下颌相应部位膨隆。膨隆部位的皮肤颜色一般无明显改变，但触诊时有乒乓球样感，这是因为囊肿内有一定压力，触压时类似乒乓球的弹性感。
全身症状
一般情况下根尖囊肿不会引起全身症状，但当囊肿继发感染时，可能出现全身症状。如感染较重时，可出现发热、寒战、乏力等全身不适表现，血常规检查可见白细胞计数升高，中性粒细胞比例增高等感染指标异常。不同年龄人群中，儿童根尖囊肿继发感染时全身症状可能相对更明显，因为儿童机体抵抗力相对较弱；而成年人在囊肿继发感染时，全身症状的严重程度因个体抵抗力差异有所不同。生活方式方面，长期口腔卫生不良的人群，根尖囊肿继发感染的风险相对较高，更容易出现全身症状。有其他基础病史的人群，如糖尿病患者，在根尖囊肿继发感染时，感染可能更难控制，全身症状可能更严重且恢复较慢。
