早起口臭的原因包括口腔局部因素（菌斑牙石堆积、龋齿、牙龈炎或牙周炎）、全身系统性疾病因素（消化系统疾病如胃炎胃溃疡、幽门螺杆菌感染，呼吸系统疾病如鼻窦炎支气管炎）、其他因素（不良生活习惯如吸烟饮酒长期不吃早餐、药物因素）。
龋齿：牙齿发生龋坏时，龋洞内易残留食物残渣，细菌在龋洞内发酵产酸，分解有机物，产生异味。龋齿若不及时治疗，情况会逐渐加重，口臭问题也会更明显。各个年龄段都可能患龋齿，儿童处于牙齿发育阶段，爱吃甜食且口腔清洁不彻底，较易长龋齿导致口臭；成年人由于口腔卫生维护不当或其他因素也可能患龋齿出现口臭。
牙龈炎或牙周炎：牙龈发炎或牙周炎时，牙龈组织会出现红肿、出血等症状，局部细菌滋生繁殖，产生炎性分泌物，散发出异味。牙龈炎若进一步发展为牙周炎，口臭问题会更为严重。不同年龄人群均可患病，老年人由于牙龈萎缩等原因，更易患牙周炎出现口臭；年轻人若有不良口腔习惯，如吸烟、口腔卫生差等，也易患牙龈炎或牙周炎导致口臭。
全身系统性疾病因素
消化系统疾病
胃炎、胃溃疡：此类患者胃肠消化功能减弱，食物在胃内排空延迟，易产生反流，胃内的异味可通过口腔呼出。有研究发现，患有胃炎、胃溃疡的人群中，早起口臭的发生率明显高于健康人群。不同年龄人群都可能患消化系统疾病，年轻人可能因饮食不规律、压力大等患胃炎；老年人则可能因胃肠功能衰退等出现相关疾病导致口臭。
幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌可在胃内定植，产生尿素酶分解尿素产生氨等有臭味的物质，从而引起口臭。感染幽门螺杆菌的人群早起口臭的概率较高。各年龄层均可感染幽门螺杆菌，儿童可能通过密切接触等感染，成年人感染率也较高。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、支气管炎等，呼吸道产生的分泌物可通过口腔排出，导致口臭。例如，鼻窦炎患者鼻窦内的脓性分泌物会有异味，经后鼻孔倒流至口腔，引起早起口臭。不同年龄人群都可能患呼吸系统疾病，儿童免疫力较低易患鼻窦炎等；成年人也可能因各种原因患呼吸系统疾病出现口臭。
其他因素
不良生活习惯
吸烟：烟草中的尼古丁等化学成分会残留在口腔中，且吸烟会使口腔环境变得干燥，有利于细菌滋生，长期吸烟的人早起口臭较为常见。不同年龄吸烟者都可能出现此情况，青少年吸烟不仅影响口腔健康，还对全身健康有害；成年人长期吸烟也易引发口臭等口腔问题。
饮酒：酒精会导致口腔干燥，同时酒精代谢产物会通过口腔呼出，尤其是过量饮酒后，早起口臭现象较明显。各年龄饮酒人群都可能受影响，年轻人社交中过量饮酒易出现早起口臭；老年人若过量饮酒，也会因口腔和身体代谢变化导致口臭。
长期不吃早餐：经过一夜的消化，早晨胃内基本排空，若长期不吃早餐，唾液分泌减少，口腔自洁作用降低，细菌繁殖增多，易出现口臭。各个年龄层都可能因长期不吃早餐出现口臭，儿童若经常不吃早餐，会影响口腔和身体发育，同时易引发口臭；成年人长期不吃早餐也会面临口臭风险。
药物因素：某些药物服用后可能引起口腔异味作为副作用，如一些降压药、降糖药等。不同用药人群需注意药物可能带来的口臭问题，老年人若同时服用多种药物，更要关注药物副作用导致的口臭情况，儿童用药需谨慎，若有因药物导致口臭的情况需及时与医生沟通。
