肠道检查不止肠镜一种，还有粪便潜血试验、钡剂灌肠、胶囊内镜等方法，不同方法各有优缺点，临床会依患者具体情况选合适检查方式，一般能耐受肠镜者多推荐肠镜，身体差不耐受肠镜者选其他合适方法辅助诊断肠道疾病。
影像学检查-钡剂灌肠：通过向肠道内注入钡剂，然后进行X线摄片，观察肠道的形态、结构等情况。可以发现肠道的充盈缺损、狭窄等病变。不过，钡剂灌肠的清晰度相对肠镜较差，对于一些小的病变可能容易漏诊。而且，对于肠道准备要求也较高，需要患者较好地排空肠道内的粪便等内容物，以保证检查效果。对于一些不适合做肠镜或者对肠镜有恐惧心理的患者可以考虑，但对于儿童等特殊人群，要考虑钡剂可能带来的肠道刺激等风险。
胶囊内镜：患者口服内置摄像头的胶囊，胶囊在肠道内随蠕动运行，拍摄肠道图像，然后通过体外接收设备获取图像进行分析。胶囊内镜可以对整个小肠进行较为全面的观察，对于小肠疾病的诊断有一定优势。但胶囊内镜也有其局限性，比如不能进行活检、不能进行治疗操作，而且对于肠道梗阻等情况不能使用，同时检查费用相对较高。对于一些怀疑小肠病变的患者可以考虑，但需要患者肠道通畅等条件满足。
不同的肠道检查方法各有优缺点，在临床应用中会根据患者的具体情况来选择合适的检查方法。例如，对于一般情况较好、能够耐受肠镜检查的患者，肠镜检查由于可以直接观察肠道黏膜情况，还能进行活检等操作，往往是较为推荐的肠道检查方式，它能更直观、准确地发现肠道内的病变，如息肉、炎症、肿瘤等。而对于一些身体状况较差、不能耐受肠镜检查的患者，则会选择其他相对合适的检查方法来辅助诊断肠道疾病。
