普通肠镜与无痛肠镜在麻醉方式、检查过程体验、对受检者身体状况要求、术后恢复及适用人群等方面存在差异，普通肠镜无麻醉、受检者需配合且对身体状况要求相对低、术后恢复较快且适合部分人群；无痛肠镜有麻醉、受检者无感知且对心肺功能要求高、术后需恢复清醒及适合特定怕痛等人群但不适合部分心肺功能差者。
一、麻醉方式及舒适度差异
普通肠镜：检查时不使用麻醉药物，受检者保持清醒状态。在检查过程中，肠道蠕动可能会引起腹部不适，部分受检者会感觉较为疼痛，尤其是对疼痛敏感的人群，不适感会更明显。
无痛肠镜：检查前会通过静脉注射麻醉药物，使受检者进入睡眠状态，在无意识的情况下完成肠镜检查。整个检查过程中受检者不会感觉到疼痛和不适，舒适度较高。
二、检查过程中的体验差异
普通肠镜：受检者需要充分配合医生的操作，在检查过程中可能会因为肠道的蠕动或不适而出现紧张、躁动等情况，这可能会影响医生对肠道内部情况的观察，增加操作难度和时间。
无痛肠镜：受检者处于睡眠状态，身体不会出现明显的躁动，医生能够更平稳、细致地进行肠道检查，有利于发现一些细微的病变，检查过程相对更顺利，时间也可能相对较短。
三、对受检者身体状况的要求差异
普通肠镜：对受检者的心肺功能等身体基础状况要求相对较低，一般身体状况较好、能够耐受检查过程中可能出现的不适的人群都可以进行。
无痛肠镜：由于需要使用麻醉药物，对受检者的心肺功能要求较高。需要评估受检者的心肺功能是否能够耐受麻醉药物，例如有严重心肺疾病、呼吸功能不全等情况的受检者可能不适合进行无痛肠镜检查。
四、术后恢复差异
普通肠镜：检查结束后，受检者一般休息片刻即可恢复正常活动，但可能会有腹部轻微不适，通常短时间内可缓解。
无痛肠镜：由于使用了麻醉药物，受检者术后需要一段时间来恢复清醒，在恢复清醒后的短时间内可能会有头晕、乏力等不适症状，需要有人陪伴并注意休息，一般几个小时后身体基本恢复，但在当天应避免驾驶车辆等需要高度集中注意力的活动。
五、适用人群差异
普通肠镜：适合身体状况较好、能够耐受检查过程中不适、对疼痛敏感度相对较低且心肺功能等基本正常的人群，例如一些年龄较大但身体基础状况良好的受检者。
无痛肠镜：适合对疼痛较为敏感、害怕肠镜检查过程中不适的人群，以及一些心肺功能等基本状况虽然可以耐受普通肠镜，但自身难以忍受检查不适的人群，不过对于存在严重心肺疾病等不适合麻醉情况的人群则不适用。例如，年轻女性受检者如果对肠镜检查的疼痛较为恐惧，更倾向于选择无痛肠镜；而一些患有严重冠心病、未控制的高血压等心肺功能不佳的老年受检者则可能更适合普通肠镜。
