肌肉骨骼系统畸形包括下肢畸形（如马蹄内翻足、髋部畸形、膝关节畸形）、上肢畸形（如腕下垂、手指畸形等）、肢体不等长（患侧肢体短缩致双下肢不等长及相关代偿问题）、脊柱畸形（常见脊柱侧凸及相关影响），均因小儿麻痹后遗症致神经受损等使肌肉、骨骼发育及力学平衡异常而引发。
马蹄内翻足：较为常见，患侧足部呈足下垂、内翻畸形，行走时多以足外侧着地负重，影响正常步态，随着患儿生长发育，畸形可能逐渐加重，导致足部功能严重受限，影响站立和行走能力。这是由于小儿麻痹后遗症导致支配足部肌肉的神经受损，肌肉力量不平衡所致，患病儿童的足部肌肉因神经损伤出现不同程度的麻痹，使得足部正常的力学结构被破坏。
髋部畸形：包括髋关节脱位、髋关节屈曲挛缩等。髋关节脱位表现为患侧髋关节位置异常，可能出现股骨头脱出髋臼的情况；髋关节屈曲挛缩则是患侧髋关节不能正常伸展，影响患儿的站立和行走，患儿可能出现跛行，身体重心偏向健侧，长期如此还可能导致脊柱侧弯等继发畸形。主要是因为支配髋关节周围肌肉的神经受损，肌肉失去正常的神经调控，进而引起髋关节的位置和活动异常。
膝关节畸形：常见的有膝内翻（O型腿）、膝外翻（X型腿）以及膝关节屈曲畸形等。膝内翻或外翻会影响下肢的力线，导致行走时受力不均，容易引起膝关节疼痛等问题；膝关节屈曲畸形则使患儿难以伸直膝关节，影响正常的步态和下肢功能。是因为控制膝关节周围肌肉的神经功能障碍，使得肌肉的收缩和舒张失衡，从而造成膝关节的畸形改变。
上肢畸形：相对下肢较少见，但也可能出现，如腕下垂、手指畸形等。腕下垂表现为手腕不能抬起，手指可能出现屈曲或伸展受限等情况，影响患儿的手部抓握等功能，这是由于支配上肢相应肌肉的神经受损，导致上肢肌肉力量异常，影响手部和手腕的正常活动。
肢体不等长
患侧肢体可能因肌肉萎缩、骨骼发育受影响等出现短缩，导致双下肢长度不一致，患儿行走时会出现骨盆倾斜等代偿表现，长期可影响脊柱发育，造成脊柱侧弯等问题。这是因为小儿麻痹后遗症影响了患侧肢体的正常生长发育，包括肌肉和骨骼的发育，使得患侧肢体在长度上短于健侧。
脊柱畸形
常见的有脊柱侧凸，由于双下肢不等长、骨盆倾斜以及躯干肌肉力量不平衡等原因，脊柱会向一侧弯曲，影响患儿的身体外观和心肺功能等。患儿的脊柱不再保持正常的直线状态，侧弯的脊柱会对胸腔和腹腔造成压迫，影响心肺的正常功能和内脏器官的位置，随着年龄增长，脊柱畸形可能逐渐加重，对患儿的身体健康产生更严重的影响。主要是由于身体力学平衡被打破，患侧肢体的异常导致身体为了保持平衡而出现脊柱的代偿性侧弯。
