巧克力囊肿一般不能自愈，其是子宫内膜异位症的病变，异位内膜在卵巢生长随月经周期出血形成囊肿，育龄女性囊肿可能逐渐增大致多种症状，绝经后囊肿也不会消失，发现后需据情况个体化治疗。
1.病理机制角度
子宫内膜异位到卵巢后，会像正常子宫内膜一样，受体内雌激素影响发生周期性出血，导致卵巢局部反复出血，血液积聚形成囊肿。由于人体自身没有机制能让异位的子宫内膜自动消失，所以巧克力囊肿通常不会自行痊愈。
2.对不同人群的影响及发展趋势
育龄女性：对于育龄女性，巧克力囊肿可能会逐渐增大。随着囊肿增大，可能会出现痛经进行性加重、不孕、性交疼痛等症状。例如，有研究表明，患有巧克力囊肿的育龄女性不孕的发生率相对较高，因为囊肿可能影响卵巢排卵、输卵管通畅等，从而影响受孕。
绝经后女性：绝经后女性体内雌激素水平大幅下降，但巧克力囊肿内的陈旧血液吸收等过程非常缓慢，囊肿也不会自行消失，不过部分患者可能症状会有所缓解，但囊肿仍会存在。
巧克力囊肿一般不会自愈，一旦发现应根据患者的年龄、症状、生育要求等综合情况进行个体化的治疗，治疗方法包括药物治疗（如GnRH-a等）、手术治疗等。
