子宫内膜异位症的发生与遗传因素、经血逆流与种植、免疫防御功能异常、炎症因素、激素影响及环境因素等多方面有关，遗传使女性患病风险增加，经血逆流等可致种植，免疫等功能异常、炎症、激素及环境等也参与其发生。
经血逆流与种植
月经期间，子宫内膜碎片可随经血逆流通过输卵管进入盆腔，种植在盆腔腹膜、卵巢等部位，并在局部生长、蔓延，从而引发子宫内膜异位症。这种现象在青春期女性中相对常见，因为青春期女性的经血逆流现象较为普遍。另外，先天性生殖道畸形（如阴道横隔、处女膜闭锁等）导致经血排出不畅时，经血逆流的概率会大幅增加，进而使子宫内膜异位的风险升高。
免疫防御功能异常
人体的免疫防御系统能够识别和清除异位的子宫内膜组织。但当免疫防御功能出现异常时，如巨噬细胞、自然杀伤细胞等免疫细胞的功能缺陷，就无法有效清除异位的子宫内膜细胞，使得子宫内膜细胞能够在盆腔等部位存活、增殖，最终导致子宫内膜异位症的发生。例如，免疫细胞不能正常吞噬异位的子宫内膜细胞，就会让这些细胞有机会在盆腔内定植并发展成异位病灶。
炎症因素
盆腔炎症可能会促进子宫内膜异位症的发生。盆腔炎症会导致局部微环境改变，炎症因子的释放会影响腹膜的特性，使得腹膜对子宫内膜细胞的黏附、种植能力增强。同时，炎症反应还可能影响激素的代谢和调节，进一步干扰正常的生殖内分泌环境，为子宫内膜异位的发生创造条件。比如盆腔炎性疾病反复发作的女性，患子宫内膜异位症的风险比正常女性要高。
激素影响
雌激素在子宫内膜异位症的发生发展中起着重要作用。异位的子宫内膜组织受雌激素的刺激会不断生长、增殖。女性体内雌激素水平较高的时期，如育龄期，子宫内膜异位症的症状往往会更明显。另外，孕激素水平相对不足时，也不利于抑制子宫内膜的异位生长。例如，一些长期服用避孕药的女性，由于避孕药中的激素成分会影响体内的激素平衡，在一定程度上可能会对子宫内膜异位症的发生有一定的影响，但具体机制较为复杂，与个体的激素代谢差异等有关。
环境因素
长期接触某些环境污染物可能与子宫内膜异位症的发生相关。例如，一些塑料制品中含有的邻苯二甲酸酯等化学物质，可能会干扰人体的内分泌系统，影响激素的正常调节，从而增加子宫内膜异位的风险。此外，不良的生活方式，如长期熬夜、过度吸烟饮酒等，也可能通过影响内分泌功能等途径，间接增加子宫内膜异位症的发生几率。比如长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素的正常分泌节律，进而对生殖系统的内环境产生不良影响。
