中医治疗扁平疣分根据辨证分型内服（风热蕴结型用桑菊饮加减、肝郁痰凝型用逍遥散合二陈汤加减）、外治（有腐蚀法用水晶膏点涂、中药外洗用马齿苋等煎水、鸦胆子外敷）、针灸（体针选合谷等穴位、耳针选肺等耳穴），且儿童外治需轻柔谨慎、孕妇用药需谨慎、有基础病史者要考量基础病影响需医生综合考量。
一、中药内服治疗
中医认为扁平疣多与风热毒邪侵袭肌肤或肝虚血燥、筋气不荣有关，需根据辨证分型用药。例如风热蕴结型，治以疏风清热，可选用桑菊饮加减（参考《中医外科学》相关记载，该方中桑叶、菊花等有疏风清热功效，经临床研究显示对风热型扁平疣有一定疗效）；若属肝郁痰凝型，治以疏肝解郁、化痰软坚，可选逍遥散合二陈汤加减，其中柴胡、当归等有疏肝解郁作用，半夏、陈皮等能化痰，相关研究表明其对肝郁痰凝型扁平疣有改善作用。
二、中药外治治疗
1.腐蚀法：可用水晶膏（主要成分多为腐蚀性中药）点涂患处，通过腐蚀作用使疣体脱落，但需注意操作时避免伤及周围正常皮肤，尤其儿童皮肤薄嫩，应谨慎使用，以防过度刺激导致损伤加重。
2.中药外洗：常用马齿苋、板蓝根、大青叶、木贼草等中药煎水外洗，这些药物具有清热解毒、抗病毒作用，现代药理学研究显示其中某些成分对引起扁平疣的人乳头瘤病毒（HPV）有一定抑制作用，外洗时需注意温度适宜，避免烫伤皮肤，儿童使用时需由成人操作并控制水温。
3.鸦胆子外敷：将鸦胆子捣烂后敷于疣体表面，用纱布包扎固定，鸦胆子中的有效成分有抗病毒及腐蚀疣体作用，但同样要注意避免接触正常皮肤，儿童使用时需特别小心，防止误触或过量使用导致局部严重刺激。
三、针灸治疗
1.体针：选取合谷、曲池、血海、足三里等穴位进行针刺，通过调节人体气血经络来达到治疗扁平疣的目的。针刺操作需由专业医师进行，儿童针刺时要安抚其情绪，避免因恐惧不配合导致断针等意外情况。
2.耳针：选取肺、肾上腺、内分泌等耳穴，通过埋针或压豆等方法刺激耳穴，调节机体免疫功能，辅助治疗扁平疣。耳针操作相对简便，儿童可采用压豆法，选择大小合适的王不留行籽等进行按压，需注意观察局部皮肤反应，如有过敏等情况及时处理。
四、特殊人群注意事项
1.儿童：儿童皮肤屏障功能较弱，在采用外治方法时需格外轻柔，避免使用刺激性过强的药物或操作，如鸦胆子外敷、水晶膏点涂等应在医生严格指导下进行，且要密切观察局部皮肤反应，出现红肿、疼痛等不适及时停用并就医。
2.孕妇：孕妇属于特殊人群，中医治疗扁平疣时用药需谨慎，中药内服或外治中某些药物可能对胎儿产生影响，应避免使用具有活血化瘀、峻下逐水等作用的药物，外治时也需选择相对安全、对胎儿无明显不良影响的方法，建议在医生全面评估后再制定治疗方案。
3.有基础病史者：若患者合并其他慢性疾病，如糖尿病等，在进行中医治疗时需考虑基础疾病对治疗的影响及治疗方法对基础疾病的潜在作用。例如糖尿病患者皮肤愈合能力相对较弱，外治后需加强局部皮肤护理，防止感染，同时中药使用时要注意避免选用可能影响血糖的药物成分，需在医生综合考量下进行治疗。
