扁平苔藓的发病与遗传、免疫、感染、精神神经及内分泌等多种因素相关。遗传具易感性，不同年龄层影响有别；免疫中细胞免疫和体液免疫均参与，不同性别、年龄有差异；病毒感染如丙肝、幽门螺杆菌等可能关联发病，不同生活方式人群受影响不同；精神神经因素长期紧张等可诱发或加重，不同年龄层影响不同；内分泌紊乱与发病有关，女性受内分泌因素影响更显著。
免疫因素
细胞免疫：机体的细胞免疫功能紊乱在扁平苔藓的发病中起重要作用。T淋巴细胞参与了扁平苔藓的免疫反应过程，患者皮肤或黏膜组织中存在异常活化的T淋巴细胞，这些T淋巴细胞会攻击自身的上皮细胞，导致上皮细胞的损伤和病变。在不同性别方面，女性和男性在细胞免疫功能的细微差异可能会对扁平苔藓的发病概率产生一定影响，比如女性在某些生理周期或激素变化时，可能会影响T淋巴细胞的活性，进而影响发病情况。不同年龄阶段，儿童的免疫系统尚在发育中，免疫功能相对不稳定，而成人免疫系统相对成熟但也可能因生活压力、疾病等因素出现免疫紊乱，都可能与扁平苔藓的免疫发病机制相关。
体液免疫：体液免疫也参与了扁平苔藓的发病。患者体内可能会产生一些自身抗体，这些自身抗体与上皮细胞相关抗原结合，形成免疫复合物，激活补体系统，引起炎症反应，导致上皮细胞的损伤。例如，有研究发现扁平苔藓患者血清中某些自身抗体的水平与病情的活动度相关，病情活动期抗体水平可能升高，病情缓解期则可能降低。
感染因素
病毒感染：有研究提示病毒感染可能与扁平苔藓的发病有关。例如，有人认为丙型肝炎病毒、幽门螺杆菌等感染可能与扁平苔藓的发生存在关联。丙型肝炎病毒感染可能通过免疫介导的机制影响机体的免疫状态，从而诱发扁平苔藓；幽门螺杆菌感染可能引起胃肠道免疫环境的改变，进而波及口腔等部位的黏膜，增加扁平苔藓的发病风险。不同生活方式的人群，如经常在外就餐、卫生习惯较差的人群，感染幽门螺杆菌等的概率相对较高，可能更易受其影响而引发扁平苔藓。
精神神经因素
长期的精神紧张、焦虑、抑郁等精神神经因素可能会诱发或加重扁平苔藓。精神神经因素可通过神经内分泌系统影响机体的免疫功能和炎症反应。例如，当人处于长期精神压力状态时，体内的激素水平会发生变化，如皮质醇等激素的分泌改变，进而影响免疫系统的功能，使得机体对上皮细胞的免疫监视和调节失衡，增加扁平苔藓的发病几率。不同年龄层中，儿童若长期处于紧张的家庭环境或学习压力下，可能会对其身心发育产生影响，虽然儿童患扁平苔藓相对较少，但精神因素也可能在一定程度上起到作用；而成人面临工作、生活等多方面压力，精神神经因素对发病的影响更为明显。
内分泌因素
内分泌紊乱与扁平苔藓的发病有一定关系。例如，女性在月经周期、妊娠期、更年期等内分泌变化较大的时期，扁平苔藓的发病或病情可能会出现波动。雌激素、孕激素等激素水平的变化可能会影响上皮细胞的代谢和免疫功能。在妊娠期，女性体内激素水平大幅改变，部分患者扁平苔藓病情可能会缓解，但也有部分患者病情可能加重，这与个体的激素变化及自身免疫状态相关。不同性别中，女性受内分泌因素影响相对男性更为显著，因为女性的内分泌周期更为复杂多样。
