心脏消融术存在多方面风险弊端，操作中血管穿刺等并发症风险高，老年患者更易发生且恢复难；部分患者术后心律失常可能复发需再次治疗；合并严重肝肾功能不全等的患者手术风险超收益；术后康复影响中青年工作生活；费用较高，经济条件一般家庭难承受
一、并发症风险较高
心脏消融术操作过程中存在多种并发症风险，如血管穿刺相关并发症，包括局部出血、血肿形成，严重时可能导致心包填塞，这会危及患者生命安全。尤其对于老年患者，其血管弹性差，发生血管穿刺并发症的几率显著增加，同时老年患者身体修复能力相对较弱，并发症恢复也更困难。
二、手术失败可能性
并非所有接受心脏消融术的患者都能彻底根治心律失常，部分患者术后可能出现心律失常复发情况。例如某些复杂类型的心律失常，经一次心脏消融术治愈的概率有限，若复发则需要再次手术或采用其他治疗手段，不仅增加患者的身心痛苦，还会延长治疗周期。
三、患者自身因素限制
对于合并严重肝肾功能不全、体质极度虚弱的患者，心脏消融术对身体的创伤可能超出其耐受能力，手术风险远大于可能获得的收益。高龄患者本身各器官功能衰退，手术耐受性降低，发生并发症的概率大幅升高，此时进行心脏消融术往往得不偿失。
四、术后恢复影响生活
术后患者需要一定时间卧床休息等康复措施，这会严重影响日常生活和工作。比如对于需要频繁外出工作或有重要体力活动的人群，术后较长时间的康复会打乱原有的生活节奏，给其生活带来诸多不便，尤其对于中青年患者，工作和生活的平衡会受到较大冲击。
五、经济成本较高
心脏消融术的费用相对较高，且若术后心律失常复发还需再次进行相关治疗，这会给家庭带来较重的经济负担。对于经济条件一般的家庭来说，不仅一次性手术费用是不小的支出，后续可能的再次治疗费用也会成为家庭的经济压力，从经济角度考量，部分患者可能不适合轻易选择心脏消融术。
