普通胃镜与无痛胃镜在多方面存在差异，普通胃镜无麻醉致部分患者检查中感不适且需主动配合，检查后可立刻恢复但有咽喉损伤风险，适合能良好配合、耐受痛且无严重心肺不全者；无痛胃镜经静脉麻醉使患者舒适、检查可控性强，检查后需留观有麻醉风险，适用于不能配合、怕痛、有心肺等基础病或心理状态不佳者但严重心肺衰竭、麻醉药过敏者不适用
一、麻醉方式与患者感受差异
普通胃镜检查时不进行麻醉，患者处于清醒状态，检查过程中因胃镜刺激咽喉、胃部等部位，部分患者会出现恶心、呕吐等明显不适，尤其是咽喉反射敏感者不适更突出；而无痛胃镜是通过静脉注射麻醉药物，使患者进入睡眠麻醉状态，检查时患者无疼痛及不适感觉，舒适度大幅提升。例如相关研究表明，普通胃镜检查中约70%的患者存在明显不适，而无痛胃镜可使患者不适发生率降至极低水平。
二、检查过程可控性不同
普通胃镜检查时需患者主动配合，如吞咽动作等，若患者不能良好配合，会影响医生对胃部观察的视野清晰度及操作的顺畅性，可能导致部分胃部细节观察不全面；无痛胃镜因患者处于麻醉状态，肌肉松弛且无自主活动，医生操作时更顺畅，能更从容细致地对胃内各部位进行全面观察，检查过程的可控性更强，利于发现微小病变。
三、检查风险与恢复时间有别
普通胃镜检查后患者即可立刻恢复正常活动，但存在因患者不配合在检查过程中导致咽喉部损伤等风险，不过该风险相对较低；无痛胃镜由于借助静脉麻醉，检查后患者需要一定时间苏醒，存在麻醉相关风险，如少数患者可能出现呼吸抑制等情况，但对于能耐受麻醉的患者，因患者不配合引发的操作相关损伤风险相对降低。一般无痛胃镜检查后患者需留观一段时间直至完全清醒且生命体征平稳。
四、适用人群有差异
普通胃镜适合能良好配合检查、对疼痛耐受度较高且无严重心肺功能不全等不适合麻醉情况的患者，比如身体一般状况较好、心态较平和且能配合医生指令的中青年患者；无痛胃镜适用于对疼痛极度恐惧、不能配合检查（如儿童、精神紧张难以配合者）、存在心肺功能不全等不适合长时间屏气等情况的患者，但像严重心肺功能衰竭、对麻醉药物过敏者则不适用该检查方式。对于儿童，因其自身配合度差且对疼痛耐受低，通常优先选择无痛胃镜，但必须严格评估其麻醉风险；老年患者若合并心肺等基础疾病，选择无痛胃镜时要谨慎权衡麻醉对其心肺功能的影响；有焦虑症等心理状态不佳难以配合的患者，无痛胃镜是更适宜的选择。
