口腔溃疡的病因涉及免疫功能异常、病原体感染、创伤性损伤、营养物质缺乏、系统性疾病及特殊生理状态等多方面，临床研究显示最常见诱因为免疫紊乱、创伤及感染。
1.免疫功能异常：自身免疫性疾病是重要病因，白塞病患者口腔溃疡发生率超80%，常伴眼、生殖器症状；系统性红斑狼疮患者口腔溃疡发生率约25%，与T细胞亚群失衡（如Th17细胞过度活化）相关，这些免疫异常导致黏膜免疫紊乱，与溃疡复发频率正相关。
2.病原体感染：单纯疱疹病毒（HSV-1）感染占复发性阿弗他溃疡诱因的60%~70%，病毒潜伏于神经节，免疫力下降时激活引发溃疡；人类乳头瘤病毒（HPV16型）感染与慢性溃疡相关，尤其在免疫功能低下者中。
3.创伤性及理化损伤：机械损伤（意外咬伤、尖锐牙尖或义齿边缘刺激）占比约40%，儿童因咀嚼协调能力差更易发生；酸性食物（如柠檬、醋）、过烫食物（＞60℃）直接破坏黏膜屏障，长期吸烟者溃疡发生率是非吸烟者的3倍，酒精会加重黏膜刺激。
4.营养物质缺乏：锌缺乏（血清锌＜70μg/L）导致口腔黏膜修复能力下降，素食者、长期腹泻者发生率高；维生素B族（B2、B12）、叶酸不足影响上皮细胞代谢，临床观察补充后部分患者溃疡愈合加快。
5.系统性疾病及特殊人群：糖尿病患者因微血管病变、唾液分泌减少，溃疡愈合延迟；孕妇（孕中晚期）因雌激素升高、营养需求增加，叶酸不足者溃疡风险高；老年人（＞65岁）因义齿刺激、免疫力下降，溃疡易反复发作且愈合慢。
