肛瘘主要症状包括反复流脓、局部疼痛、肛门瘙痒、肛周硬结及全身症状（如发热）等，其中反复流脓为最典型表现，多数患者症状可反复发作且迁延不愈。
一、反复流脓
肛门周围皮肤可出现1个或多个外口，持续或间歇性排出脓液，脓液多为稀薄、黄色或黄绿色，伴臭味，部分患者因外口暂时闭合致脓液积聚，引发局部肿胀、疼痛，破溃后症状暂时缓解。临床数据显示，约85%的肛瘘患者以反复流脓为首发症状，瘘管分支复杂者可有多外口或间歇性排脓。
二、局部疼痛
疼痛程度因瘘管位置而异，低位肛瘘常表现为持续性疼痛，排便时加重；高位肛瘘疼痛较轻但坠胀感明显，行走、久坐或剧烈活动时疼痛加剧。若脓液排出不畅，局部压力升高可引发剧烈胀痛，需及时引流外口。
三、肛门瘙痒
肛周皮肤长期受脓液刺激，出现潮湿、瘙痒，夜间或排便后加重，反复搔抓易致皮肤破损、红肿、湿疹样改变，甚至继发感染。约60%的肛瘘患者存在瘙痒症状，与脓液刺激神经末梢及皮肤屏障破坏有关。
四、肛周硬结或肿块
肛门周围皮下或深部可触及条索状硬结，质地较硬，按压时有轻微疼痛，部分患者因瘘管纤维化形成局部隆起，为肛瘘典型体征。若硬结伴随红肿、疼痛，提示急性感染期，需优先控制炎症。
五、全身症状
复杂性肛瘘或急性感染发作时，患者可能出现发热（体温38℃以上）、寒战、乏力等，尤其合并糖尿病、免疫功能低下者，全身症状更明显且感染扩散风险高。老年患者疼痛反应迟钝，全身症状常不典型，需警惕隐性感染。
特殊人群提示：婴幼儿肛瘘多因肛周脓肿未及时治疗演变，家长需观察患儿反复哭闹、抓挠肛门、肛周分泌物等；老年患者症状隐匿，易并发肠梗阻、败血症，需加强肛周护理；糖尿病患者需严格控糖促进愈合，避免血糖波动加重症状；长期便秘或腹泻者应调整排便习惯，减少肠道压力刺激。
