肾囊肿早期症状多不典型，多数患者无明显不适，仅少数因囊肿增大或位置特殊出现轻微症状，具体表现因人而异。
腰部隐痛或酸胀感
早期囊肿较小（通常＜5cm）时多无自觉症状；若囊肿缓慢增大牵拉肾被膜或压迫周围组织，可出现腰部轻微隐痛、酸胀，疼痛部位多位于患侧季肋区或腰背部，单侧多见，双侧囊肿者疼痛可能对称，劳累后加重、休息后缓解，成人多见；儿童或青少年先天性肾囊肿体积较大时可能更早出现类似症状。
镜下血尿或微量蛋白尿
囊肿破裂或囊内压力变化可能导致肾小管轻微损伤，出现镜下血尿（尿色正常但镜检红细胞增多）或微量蛋白尿，多为持续性或间歇性，肉眼血尿罕见且量少、自行缓解；孕妇因子宫增大压迫或激素变化，可能更早感知腰部酸胀不适，需与生理性蛋白尿鉴别。
腹部包块
囊肿直径＞5cm时可在腹部触及表面光滑、质地中等的囊性包块，边界清楚，按压时可有轻微酸胀感，位置固定，早期因囊肿较小多不可触及；孤立性肾囊肿患者包块出现较晚，儿童患者因腹部脂肪少，先天性肾囊肿（尤其婴幼儿）若体积较大可能更早被发现。
肾功能指标异常
早期血肌酐、尿素氮多正常，仅少数患者因囊肿压迫肾实质导致肾小管滤过功能轻度受损，出现微量白蛋白尿（24小时尿蛋白＜300mg）；长期随访需监测肾功能变化，老年患者合并高血压、糖尿病时，肾功能异常可能更早显现，表现为夜尿增多或尿浓缩功能降低。
感染或并发症表现
孤立性肾囊肿早期罕见合并感染，若囊肿合并感染（如多囊肾）可出现发热（体温多＜38.5℃）、寒战、腰痛加剧（钝痛为主）、尿频尿痛等；先天性肾囊肿若快速增大，可能因囊内出血或感染较早出现上述症状，需结合超声或CT鉴别囊肿内感染或脓肿形成。
特殊人群注意事项：儿童、孕妇及老年患者早期症状常隐匿，建议定期超声检查（儿童每年1次，孕妇孕中期筛查，老年人每2年1次），避免剧烈运动或腰部外伤，减少囊肿破裂风险；合并慢性肾病者需加强肾功能监测，发现囊肿短期内增大（＞2cm/年）时及时就医。
