小儿肠梗阻的原因包括先天因素和后天因素，先天因素有肠道发育畸形如先天性肠闭锁等；后天因素包括肠套叠（多见于2岁以下婴幼儿，与饮食改变、病毒感染等有关）、肠粘连（多因腹部手术、腹部感染引起）、腹外疝嵌顿（小儿腹股沟疝常见，腹内压增高时易发生）、肠道寄生虫或异物（吞食异物或有寄生虫团块可致阻塞）。
后天因素
肠套叠：多见于2岁以下婴幼儿，是小儿肠梗阻常见原因之一。其发生可能与饮食改变（如添加辅食等）、病毒感染等因素有关，导致一段肠管套入与其相连的肠腔内，造成肠内容物通过障碍。例如某些病毒感染可能引起肠道功能紊乱，使得肠管蠕动异常，从而诱发肠套叠。
肠粘连：多因腹部手术、腹部感染（如腹膜炎等）引起。小儿若有腹部手术史，术后肠粘连可能逐渐形成，当粘连导致肠管形成锐角或引起肠管扭曲时，就会发生肠梗阻。比如小儿因阑尾炎等疾病行手术治疗后，腹腔内可能会有炎性渗出等情况，容易导致肠粘连的发生，进而引发肠梗阻。
腹外疝嵌顿：小儿腹股沟疝较为常见，当疝内容物（多为肠管）不能回纳时，就会发生嵌顿，导致肠梗阻。这与小儿腹壁肌肉发育不完善，腹股沟管相对较宽等因素有关，孩子在哭闹、便秘等腹内压增高的情况下，更容易出现疝嵌顿。例如孩子剧烈哭闹后，腹股沟疝内容物无法回纳，肠管被卡在疝环处，引起肠梗阻。
肠道寄生虫或异物：小儿吞食异物或肠道内有寄生虫团块时，可能引起肠梗阻。比如小儿吞食较大的玩具零件等异物，或者肠道内有大量蛔虫团聚集，都可能阻塞肠道，导致肠梗阻发生。常见于卫生习惯较差、喜欢将小物件放入口中的小儿，蛔虫感染在卫生条件较差的地区相对更易发生。
