肛瘘主要是肛周脓肿未及时规范治疗的并发症，少数由肛肠基础疾病、特异性感染或医源性因素引发，特殊人群（如糖尿病患者）风险更高。
肛周脓肿是最主要病因
约80%肛瘘由肛周脓肿发展而来。肛腺感染是核心诱因，肛腺开口于肛窦，易因粪便残留、便秘等阻塞感染，形成肛周脓肿。若脓肿未及时切开引流或引流不彻底，感染可沿括约肌间隙扩散，突破皮肤形成肛瘘。
肛肠基础疾病诱发
克罗恩病、溃疡性结肠炎等慢性炎症性肠病，因肠道黏膜破坏和反复感染，炎症易蔓延至肛周组织，破坏局部结构形成瘘管。结核、放线菌病等特异性感染也会因慢性炎症刺激，增加肛瘘发生风险。
特异性感染的慢性影响
结核分枝杆菌感染在免疫力低下者中较常见，肛周感染后形成的脓肿愈合缓慢，易突破皮肤形成窦道。此类肛瘘常伴随低热、盗汗等全身症状，需结合抗结核治疗控制感染。
医源性因素不容忽视
肛肠手术（如内痔套扎术、肛瘘术后复发）或内镜检查（结肠镜活检）若操作不当，可能损伤肛周组织并继发感染。术后若无菌护理不严格，局部感染扩散可形成医源性肛瘘。
特殊人群风险增加
糖尿病患者因血糖控制不佳，肛周感染难以局限，伤口愈合延迟，易形成肛瘘；长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂者（如器官移植术后），免疫力低下导致感染扩散风险升高，需加强肛周卫生与感染监测。
