生殖器疱疹难以根治的核心原因是单纯疱疹病毒（HSV）感染后会潜伏于神经节，抗病毒药物无法彻底清除病毒，且易因免疫波动、病毒变异等因素反复发作。
单纯疱疹病毒感染后，会长期潜伏在骶神经节等神经组织中，抗病毒药物（如阿昔洛韦、伐昔洛韦）虽能有效抑制病毒复制、缓解症状，但无法彻底清除神经节内的潜伏病毒，停药后病毒易再次激活引发复发。
HSV基因组具有较高变异性，长期用药或免疫低下时，病毒易发生耐药突变，导致传统抗病毒药物疗效下降，需结合基因检测调整治疗方案。
人体免疫力波动（如疲劳、压力、合并感染等）会打破病毒潜伏与激活的平衡，潜伏病毒被重新激活后引发复发。反复发作会进一步削弱免疫功能，形成“免疫力下降→复发→免疫力更低”的恶性循环，需长期免疫管理而非短期治愈。
部分患者因症状缓解后自行停药，或未完成足疗程治疗，导致病毒未被彻底抑制；延误诊断或治疗时，病毒扩散至周围组织，增加治疗难度与复发风险。
孕妇、HIV感染者等特殊人群治疗难度显著：孕妇可能面临胎儿先天感染风险，需孕期全程监测并选择安全药物；HIV感染者因免疫功能受损，HSV感染更易扩散，需同时控制HIV病毒载量。
