脑干炎的预后因病因、发病时神经功能状态及治疗时机而异。多数病毒性病例早期规范治疗后可完全恢复，细菌性或自身免疫性病例需针对性治疗，重症或延误治疗者可能遗留永久性神经功能缺损。
一、按病因分类。病毒性脑干炎（如肠道病毒、HSV-1）占比60%，及时抗病毒治疗可将2周内症状缓解率提升至85%；细菌性脑干炎需足量敏感抗生素控制感染，约25%患者遗留听力或肢体功能障碍；自身免疫性病例（如MOG抗体相关）需免疫调节治疗，约10%患者1年内复发。
二、按病情严重程度。轻度病例（仅头痛、呕吐）通过降颅压、对症支持治疗，2周内可康复；中度病例（肢体无力、吞咽困难）需康复训练，3-6个月多数肌力恢复；重度病例（呼吸/循环中枢受累）死亡率约15%，幸存者中40%遗留永久性瘫痪或认知障碍。
三、治疗时机的影响。发病48小时内启动治疗，约60%患者无神经功能残留；72小时后治疗，不可逆损伤风险增加2倍；延误至1周后，80%患者遗留智力下降或肢体活动受限。
四、特殊人群风险。儿童患者（<12岁）因免疫发育未成熟，约30%进展为重症，建议早识别发热伴精神萎靡；老年患者（≥70岁）基础病多，感染后炎症因子风暴发生率高，需动态监测肾功能；孕妇需避免高热超48小时，首选物理降温，激素治疗需在孕中晚期谨慎使用。
