无痛肠镜存在多种相关风险，包括麻醉相关风险，如心肺功能差等患者可能出现呼吸抑制；肠道准备相关问题，如肠道准备不充分致检查失败、准备时出现恶心呕吐等不适及老年人易电解质失衡；肠镜操作相关潜在危害，如穿孔等严重并发症概率低但后果严重、对有肠道粘连或凝血功能障碍者风险增加；还有个体差异带来的特殊危害，如儿童风险相对成人更高、孕妇需权衡利弊后决定是否进行。
肠道准备相关问题
无痛肠镜需要进行肠道准备，若肠道准备不充分，会影响肠镜观察，导致检查失败。而肠道准备过程中可能出现一些不适，比如大量饮用泻药时，部分患者会出现恶心、呕吐等情况。对于老年人或存在胃肠道动力障碍的患者，肠道准备时泻药的服用可能会加重腹胀、腹痛等症状，而且老年人对泻药引起的水电解质紊乱的耐受性较差，更易出现电解质失衡的情况。
肠镜操作相关潜在危害
在肠镜操作过程中，虽然发生穿孔等严重并发症的概率较低，约为0.1%-0.2%，但一旦发生后果较为严重。对于有肠道粘连病史的患者，如既往有腹部手术史的患者，肠镜操作时发生肠道穿孔的风险会显著增加。另外，肠镜操作可能会对肠黏膜造成一定的机械性损伤，虽然多数为轻微损伤可自行修复，但对于本身有凝血功能障碍的患者，如患有血友病的患者，就可能导致肠道出血风险增加，且出血不易止住。
个体差异带来的特殊危害
不同个体对肠镜检查及相关麻醉等的耐受不同。对于儿童患者，由于其身体机能尚未发育完全，无痛肠镜检查中麻醉药物的代谢、呼吸等方面的风险相对成人更高，且儿童对检查的配合度低，可能需要更谨慎地评估是否进行无痛肠镜检查。而对于孕妇，无痛肠镜检查中的麻醉药物可能会对胎儿产生潜在影响，需要严格权衡利弊，只有在确实必要且经过充分评估后才能进行。
