吃胃蛋白酶颗粒可能存在过敏反应、胃肠道不适、药物相互作用及特殊人群风险，长期或不当使用可能加重消化负担或掩盖病情。
过敏体质者可能出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状，严重时可引发过敏性休克，需立即停药并就医；对胃蛋白酶或成分过敏者禁用，用药前需确认成分。
常见症状包括恶心、呕吐、腹泻或便秘，过量服用可能刺激胃黏膜；长期使用可能影响自身消化酶分泌，导致依赖性，建议在医生指导下按需使用。
婴幼儿及低龄儿童肝肾功能未完善，缺乏足够代谢能力，不建议自行服用；孕妇/哺乳期女性需医生评估后使用，避免对胎儿/婴儿潜在影响；老年人因肝肾功能减退，代谢减慢，需谨慎使用；胃溃疡、胃炎、肝病患者可能加重不适，胰腺疾病患者禁用。
与抗酸剂（如铝碳酸镁）同服会降低药效，与抑酸药（如奥美拉唑）合用需间隔2小时以上；空腹服用可能刺激胃黏膜，建议饭后服用；长期使用可能掩盖胃癌、胰腺疾病等症状，延误诊断，需定期复查。
