尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起，扁平湿疣是二期梅毒的皮肤表现，由梅毒螺旋体导致。
首先，病因不同，尖锐湿疣由HPV感染，扁平湿疣由梅毒螺旋体引发。其次，外观表现有差异，尖锐湿疣通常是单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增大呈菜花状等；扁平湿疣多为扁平的丘疹或斑块，表面湿润。再者，好发部位不一样，尖锐湿疣好发于生殖器、肛周等部位；扁平湿疣好发于外阴、肛周等皮肤互相摩擦和潮湿的部位。
另外，实验室检查也有区别，尖锐湿疣检测HPV呈阳性，扁平湿疣暗视野显微镜下可找到梅毒螺旋体，梅毒血清学试验阳性。
还有治疗方法不同，尖锐湿疣多采用物理治疗、药物治疗等去除疣体，扁平湿疣主要是使用青霉素等抗梅毒治疗。
