扁平湿疣是二期梅毒的皮肤表现，而尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，二者致病原因不同。
首先，扁平湿疣通常为扁平的丘疹或斑块，表面湿润，颜色呈淡红或灰白色。而尖锐湿疣多表现为单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增大增多，呈菜花状、乳头状等形态。其次，扁平湿疣可在梅毒血清学检查中呈现阳性，尖锐湿疣则是人乳头瘤病毒检测阳性。再者，扁平湿疣好发于肛周、外生殖器等部位，尖锐湿疣同样好发于这些部位，但形态和表现有差异。
另外，扁平湿疣的治疗主要针对梅毒进行驱梅治疗，尖锐湿疣则需要采用去除疣体、抗病毒等综合治疗方法。而且二者的预后也有所不同，梅毒经过规范治疗扁平湿疣可消退，尖锐湿疣有复发的可能。
还有，从传播途径看，扁平湿疣主要通过性接触传播且与梅毒螺旋体感染相关，尖锐湿疣也是性接触传播为主，但由人乳头瘤病毒不同亚型引起。
