扁平疣多为扁平小丘疹，尖锐湿疣多为菜花状、乳头状赘生物。
首先看形态，扁平疣一般是扁平的小疙瘩，表面光滑；尖锐湿疣通常是凸起的，形状像菜花或乳头。其次看好发部位，扁平疣好发于面部、手背等；尖锐湿疣好发于生殖器、肛周等部位。再者传播方式有别，扁平疣主要通过直接接触传播；尖锐湿疣主要通过性接触传播。
从症状表现来说，扁平疣一般无明显自觉症状；尖锐湿疣可能会有异物感、瘙痒等不适。而且两者的病因也不同，扁平疣由人乳头瘤病毒特定亚型感染引起；尖锐湿疣主要由高危型人乳头瘤病毒感染导致。
在治疗方面，扁平疣治疗相对简单些，可通过外用药物等；尖锐湿疣治疗较复杂，需多种方法结合。
