肛门口腔尖锐湿疣一般不会有明显疼痛，但也有特殊情况会有痛感。
部分患者感染肛门口腔尖锐湿疣时，初期可能无明显疼痛感觉，仅能发现局部有异样的增生物。但如果疣体发生破溃、感染等情况，就可能出现疼痛症状。比如疣体受到摩擦等外力刺激，或者合并细菌感染时，就可能引发疼痛。
还有些患者自身对疼痛比较敏感，即使疣体较小，也可能会感觉有轻微的不适或隐隐作痛。而当病情发展，疣体逐渐增大增多时，对局部组织的刺激更明显，也可能导致疼痛加剧。
另外，在进行一些检查或治疗操作时，比如用棉签触碰疣体等，也可能会引发短暂的疼痛感觉。
