龟头炎多由局部感染、刺激等引起，表现为龟头红肿、疼痛等；尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所致，表现为龟头等处出现菜花状、乳头状赘生物。
首先，病因上龟头炎常因不注意卫生、局部损伤等引发炎症；而尖锐湿疣是特定病毒感染导致。其次，症状表现不同，龟头炎主要是局部炎症反应相关表现；尖锐湿疣则是独特的赘生物形态。再者，治疗方式有别，龟头炎多需抗炎等对症治疗；尖锐湿疣需针对病毒进行清除等处理。
另外，龟头炎一般经规范治疗恢复较快；尖锐湿疣相对容易复发，治疗周期可能较长。还有，两者的传染性不同，龟头炎通常不具传染性，而尖锐湿疣具有较强传染性。
