阴茎痣一般颜色相对稳定，多为先天性；尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起，常呈菜花状等外观。
首先看形态，阴茎痣形状相对规则，颜色多均匀；而尖锐湿疣通常形态不规则，像菜花或乳头状。其次病因不同，阴茎痣是先天或发育因素导致，尖锐湿疣是病毒感染所致。再者生长速度，阴茎痣生长缓慢，尖锐湿疣可能在短时间内快速增大增多。
另外，阴茎痣一般不会有瘙痒等不适症状，尖锐湿疣常伴有局部瘙痒、疼痛等感觉。还有接触性表现，阴茎痣触碰一般无特殊反应，尖锐湿疣触碰可能易出血等。
最后从治疗角度，阴茎痣若无症状可不处理，尖锐湿疣需抗病毒等治疗。
