肛乳头瘤是肛乳头因慢性炎症刺激增大形成的良性肿瘤，尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，二者病因、症状等有别。
首先病因方面，肛乳头瘤多因肛窦炎等慢性炎症反复刺激所致；而尖锐湿疣主要是感染HPV病毒引发。其次症状上，肛乳头瘤一般表现为肛乳头脱出，可伴有肛门不适；尖锐湿疣常表现为肛门生殖器部位的菜花状、乳头状赘生物。再者，治疗方式也不同，肛乳头瘤多需手术切除，尖锐湿疣除手术外还需抗病毒等综合治疗。
从发病部位来看，肛乳头瘤好发于肛管；尖锐湿疣好发于外生殖器及肛门周围等部位。另外，肛乳头瘤生长相对缓慢，尖锐湿疣生长速度可能较快且易复发。
