足疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染足部皮肤引起，尖锐湿疣主要由低危型HPV6、11型等感染生殖器等部位皮肤黏膜。
首先，足疣多发生在足底等部位，表面粗糙，有黑色小点，走路可能有压痛感。而尖锐湿疣好发于生殖器、肛周等部位，疣体通常呈菜花状、乳头状等。其次，足疣一般通过直接或间接接触被HPV污染的物品传播，尖锐湿疣主要通过性接触传播。再者，足疣的治疗多以局部物理治疗等为主，尖锐湿疣除局部治疗外，还需考虑抗病毒等综合治疗。
另外，足疣的HPV亚型与尖锐湿疣的HPV亚型有差异，足疣常见HPV1、2型等，尖锐湿疣常见HPV6、11型等。并且两者的发病部位典型程度不同，足疣发病部位相对局限于足部特定区域，尖锐湿疣发病部位更具性传播疾病的典型分布特点。
还有，在临床表现上，足疣的疣体形态相对单一，多为角化性丘疹，而尖锐湿疣的疣体形态多样，可呈现出不同的外观特征。
