尖锐湿疣潜伏期皮肤瘙痒可能与局部皮肤受到病毒刺激、自身免疫反应以及局部潮湿等因素有关。
其一，病毒在潜伏阶段虽未大量增殖形成明显疣体，但已对局部皮肤产生一定刺激，可能引发瘙痒感觉。其二，人体自身免疫对潜在病毒的反应，可能导致局部出现轻微炎症反应，进而引起瘙痒。其三，若局部皮肤环境潮湿，利于病毒存活及可能产生的轻微炎症加重，也会促使瘙痒出现。
另外，个体的皮肤敏感度不同，在潜伏期时对病毒的反应程度有差异，敏感体质者可能更易出现瘙痒表现。还有，局部皮肤的清洁状况等也可能间接影响，比如清洁不当可能加重局部不适引发瘙痒。
同时，当人体免疫力稍有波动时，潜伏的病毒可能有潜在活动迹象，也会导致皮肤出现瘙痒情况。
