肛门息肉是良性病变，多由炎症刺激等引起；尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所致的性传播疾病。
首先，肛门息肉通常颜色多为淡红或正常肤色，形状多为圆形或椭圆形，一般无明显瘙痒等不适。而尖锐湿疣通常颜色偏红，表面多呈菜花状、乳头状等，常伴有瘙痒、灼痛等症状。其次，肛门息肉一般生长缓慢，体积相对较稳定。尖锐湿疣生长速度可能较快，且易相互融合。再者，肛门息肉的发病原因多与局部炎症、饮食等因素有关；尖锐湿疣主要通过性接触传播。
另外，肛门息肉一般通过手术切除后预后较好，复发几率低。尖锐湿疣治疗相对复杂，易复发，需要综合治疗。
