首先，毛囊炎好发于头面、颈部等有毛发部位，表现为红色丘疹，中央常有毛发贯穿。而尖锐湿疣好发于生殖器、肛周等部位，初期为细小淡红色丘疹，逐渐增大增多。其次，毛囊炎一般有局部疼痛、瘙痒等症状，经抗感染治疗后多可好转。尖锐湿疣则通常无明显疼痛，且病程较长，易复发。再者，毛囊炎涂片检查可见细菌等感染迹象，尖锐湿疣通过醋酸白试验、核酸检测等可明确人乳头瘤病毒感染。
另外，毛囊炎的皮疹一般不会融合成片，而尖锐湿疣的疣体可能会逐渐融合，形成菜花样、鸡冠样等外观。而且毛囊炎的发病与局部皮肤清洁、搔抓等刺激有关，尖锐湿疣主要通过性接触传播。
还有，毛囊炎的治疗主要是外用或口服抗生素，而尖锐湿疣需要采用抗病毒、去除疣体等综合治疗方法。
