毛囊炎多由细菌感染等引起，表现为毛囊部位的炎症；尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所致，多发生在生殖器等部位，有菜花状等赘生物。
毛囊炎一般好发于头皮、颈部等有毛发部位，表现为红色丘疹，有的中间有毛发穿过。而尖锐湿疣好发于外生殖器、肛周等部位，初期为小丘疹，逐渐增大呈菜花样、鸡冠样等外观。
毛囊炎的炎症相对局限在毛囊周围，一般通过局部清洁、外用抗生素药膏等可缓解。尖锐湿疣则需要抗病毒等专门治疗，且具有传染性。
两者的病因不同，毛囊炎主要与细菌感染、皮肤不洁等有关，尖锐湿疣主要与HPV感染、性接触等有关。
