可从外观、生长部位、发展速度等方面来区分，尖锐湿疣多为淡红色丘疹，逐渐增多变大呈菜花状等，毛囊炎多为红色毛囊性丘疹。
首先看外观，尖锐湿疣皮损初起为单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后渐增多增大，形态多样；而毛囊炎初发为红色充实性丘疹。其次看生长部位，尖锐湿疣好发于生殖器及肛门等部位；毛囊炎可发生于身体任何有毛发的部位。再者看发展速度，尖锐湿疣生长相对缓慢，而毛囊炎有时发展稍快但也有其特点。
另外，尖锐湿疣通常有不洁性接触史相关可能，毛囊炎则多因局部毛囊感染等引起。还有，尖锐湿疣醋酸白试验可呈阳性，毛囊炎则无此表现。
