手足疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染手足部位引起，尖锐湿疣主要感染生殖器及肛周等部位。
首先，手足疣好发于手部、足部等暴露部位，表现为表面粗糙的丘疹。而尖锐湿疣多发生在生殖器、会阴、肛门周围等部位，疣体形态多样，如菜花状、乳头状等。其次，两者感染的HPV亚型有差异，手足疣常见的是HPV1、2型等，尖锐湿疣常见的是HPV6、11型等。再者，传播途径也不同，手足疣可通过直接接触或间接接触被污染的物品传播，尖锐湿疣主要通过性接触传播。
另外，治疗方面也有区别，手足疣可采用冷冻、激光等物理治疗，尖锐湿疣除了物理治疗，还可能需要抗病毒等综合治疗。
还有，手足疣一般不会通过性接触传播，而尖锐湿疣属于性传播疾病范畴。
