尖锐湿疣多有不洁性接触史，皮损为菜花状、乳头状赘生物；毛囊炎多因细菌感染等引起，表现为毛囊性丘疹、脓疱等。
首先看病史，尖锐湿疣患者多有不洁性行为，而毛囊炎一般无此情况。其次观察皮损形态，尖锐湿疣是淡红色小丘疹逐渐增大成赘生物，毛囊炎是以毛囊为中心的红色丘疹，有时有脓头。再者，尖锐湿疣醋酸白试验可呈阳性，毛囊炎则无此反应。
另外，尖锐湿疣好发于生殖器、肛周等部位，毛囊炎可发生在有毛囊的任何部位。还有，尖锐湿疣生长速度可能相对较慢但会逐渐增多，毛囊炎经抗炎等处理后多能较快好转。
在诊断时需综合病史、皮损表现等多方面来准确区分，不能仅靠单一表现判断。
