珍珠状丘疹通常颜色同肤色，呈珍珠样小丘疹，而尖锐湿疣多为菜花样、鸡冠样等异常赘生物。
首先看形态，珍珠状丘疹一般是环绕阴茎冠状沟的小丘疹，排列整齐。尖锐湿疣则往往形态不规则，会有凸起、赘生物等。其次看生长速度，珍珠状丘疹生长缓慢，长时间无明显变化。尖锐湿疣生长相对较快，可能会迅速增大增多。再者看分布，珍珠状丘疹局限在冠状沟部位。尖锐湿疣可能出现在肛周、生殖器等更多部位。
从症状表现来看，珍珠状丘疹一般无明显不适症状。尖锐湿疣可能会有瘙痒、异物感等不适情况。另外，通过醋酸白试验也可辅助辨别，珍珠状丘疹醋酸白试验阴性，尖锐湿疣醋酸白试验多呈阳性。
还有病史方面，珍珠状丘疹多是生理性变异，无不洁性生活史相关。尖锐湿疣多有不洁性生活接触史。
