尖锐湿疣多发生在生殖器等部位，呈菜花状等；足疣长在足部，多为圆形角质增生。
首先，发病部位不同，尖锐湿疣好发于外生殖器、肛周等部位，而足疣主要长在足底等足部区域。其次，外观表现有差异，尖锐湿疣通常是乳头状、菜花状或鸡冠状的赘生物，足疣一般是表面粗糙的圆形角质性丘疹，中间可能有小黑点。再者，病因也不一样，尖锐湿疣由人乳头瘤病毒（HPV）中的6型、11型等引起，足疣主要是HPV1、2型感染所致。
另外，传播途径有别，尖锐湿疣主要通过性接触传播，足疣可通过直接接触或间接接触被污染的物品传播，比如在公共浴室、游泳池等场所。而且治疗方法也有差异，尖锐湿疣治疗需针对病毒，足疣多采用局部物理治疗等方式。
