尖锐湿疣多与性传播相关，好发于生殖器等部位；趾疣由人乳头瘤病毒感染足部引起。
首先，尖锐湿疣好发部位主要是生殖器、肛门周围等，损害常呈菜花状、乳头状。而趾疣主要长在足底，多为角化性丘疹，表面粗糙。其次，尖锐湿疣主要通过性接触传播，趾疣则可通过直接接触或间接接触被污染的物品传播。再者，尖锐湿疣治疗相对复杂，需综合多种方法；趾疣治疗可采用冷冻、激光等局部治疗手段。
另外，从病原体来看，引起尖锐湿疣的主要是低危型人乳头瘤病毒特定亚型，引起趾疣的是人乳头瘤病毒的其他亚型。而且，尖锐湿疣的病程可能较长，易复发；趾疣经正规治疗后相对复发几率稍低些。
还有，在临床表现上，尖锐湿疣的疣体形态多样，而趾疣一般能看到明显的角质软芯。
