尖锐湿疣多发生在生殖器等部位，呈菜花状等，跖疣主要长在足底，表面粗糙有小黑点。
首先看发病部位，尖锐湿疣好发于外生殖器、肛周等部位，而跖疣主要长在足底。其次看外观，尖锐湿疣通常是乳头状、菜花状的赘生物，跖疣表面粗糙，有角质软芯，可见小黑点。再者，两者的病因也不同，尖锐湿疣由人乳头瘤病毒（HPV）6、11型等引起，跖疣由HPV1、2、4型等导致。
从症状表现来看，尖锐湿疣一般无明显疼痛等不适，但会逐渐增多增大，跖疣走路时可能有压痛感。另外，传播途径也有差异，尖锐湿疣主要通过性接触传播，跖疣可通过直接接触或间接接触（如共用拖鞋等）传播。
治疗方面也有不同，尖锐湿疣治疗需去除疣体并防复发，跖疣可采用冷冻、激光等方法去除。
