尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起，主要表现为生殖器等部位的疣状赘生物；淋病是由淋病奈瑟菌感染所致，以泌尿生殖系统化脓性感染为主要表现。
首先，病因不同，尖锐湿疣由HPV病毒引发，淋病由淋病奈瑟菌导致。其次，症状表现有别，尖锐湿疣多是淡红色小丘疹逐渐增大成疣体，淋病常出现尿频、尿急、尿痛及尿道脓性分泌物等。再者，好发部位有差异，尖锐湿疣好发于生殖器、肛门等部位，淋病好发于尿道、宫颈等泌尿生殖系统部位。
另外，传播途径方面，尖锐湿疣主要通过性接触传播，淋病除性接触外，还可通过间接接触等传播。而且治疗方法也不一样，尖锐湿疣治疗需去除疣体并抗病毒等，淋病主要是使用抗生素进行抗菌治疗。
